MTsN 1 Model Banda Aceh didirikan pada tahun 1950 sebagai Sekolah Menengah Islam (SMI) di bawah naungan Yayasan Pendidikan Umat Islam (YPUI). Madrasah ini resmi dinegerikan pada tahun 1968 menjadi MTsAIN dan bertransformasi menjadi MTsN Model Banda Aceh, yang kini berlokasi di Jalan Pucut Baren, Banda Aceh, dan dikenal sebagai madrasah berprestasi. 

Berikut adalah poin-poin sejarah penting MTsN 1 Banda Aceh:
A. Awal Pendirian (1950): Didirikan dengan nama Sekolah Menengah Islam (SMI) di bawah naungan Yayasan Pendidikan Umat Islam (YPUI), awalnya berlokasi di Kodam Iskandarmuda.

B. Perpindahan Lokasi (1953-1955): Sempat berpindah ke lokasi PHB, kemudian pada 1955 pindah ke lokasi MI (tanah milik YPUI) di Jln. Syiah Kuala.
C. Penegerian (1968): Sekolah ini resmi menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) dengan nama MTsAIN, dipimpin oleh Bpk. M. Ali Budiman.
D. Perubahan Menjadi MTsN (1976): Nama diubah menjadi MTsN (Madrasah Tsanawiyah Negeri).
E. Menjadi Madrasah Model (1990-an): Sekolah ini dikembangkan menjadi salah satu MTsN Model di Indonesia yang berfokus pada keunggulan output.
F. Lokasi Saat Ini: Berdasarkan data terkini, beralamat di Jl. Pucut Baren No.114, Laksana, Kec. Kuta Alam, Kota Banda Aceh. 
Madrasah ini terus berkembang dan berprestasi, salah satunya dengan meraih juara umum berkali-kali dan menjadi tuan rumah kegiatan tingkat provinsi.