Untuk mencapai visi madrasah yang telah dirumuskan, maka perlu disusun dalam bentuk misi berupa kegiatan jangka panjang dengan arah yang jelas. Misi madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 1 adalah sebagai berikut:

1. Mewujudkan sistem pembelajaran berbasis riset yang aktif, kreatif, efektif dan menyenangkan.
2. Membentuk generasi yang mencintai ilmu pengetahuan dan riset serta melahirkan lulusan yang tangguh, jujur dan bermutu.
3. Membentuk generasi yang mampu memecahkan masalah dalam kehidupan sehari-hari melalui kaidah penelitian ilmiah (riset) yang orisinal, berkualitas, dan kompetitif.
4. Mewujudkan generasi yang mampu berfikir secara ilmiah, kritis, kreatif, komunikatif dan kolaboratif dalam menuangkan ide-ide dan gagasan dalam penulisan karya tulis ilmiah.
5. Membentuk generasi yang berkreasi melalui riset.
6. Mewujudkan generasi yang tanggung jawab, percaya diri, serta terampil dalam berkomunikasi, berfikir logis dan analitis melalui ide-ide baru yang dituangkan dalam karya tulis ilmiah.
7. Membentuk generasi yang memiliki karakter moral yang kuat melalui internalisasi nilai-nilai yang terkandung di dalam kaidah penulisan ilmiah.
8. Melahirkan generasi yang mempunyai rasa memiliki, bertanggung jawab terhadap bangsa, agama dan tanah air, mampu bersaing pada era revolusi industri 5.0, berprestasi dan produktif dalam berkarya.
9. Mempersiapkan generasi yang siap menghadapi era globalisasi dan tekhnologi
10. Mewujudkan generasi yang berempati kepada sesama.
11. Membentuk generasi yang berakhlaqul karimah.
12. Internalisasi dan korelasi nilai-nilai Islam dalam setiap mata pelajaran dan sikap serta prilaku sehari-hari.
13. Meningkatkan pengetahuan dan kemampuan proposionalisme tenaga kependidikan seiring dengan perkembangan global.
14. Memaksimalkan kegiatan ekstrakurikuler yang  sesuai dengan minat dan bakat siswa.